Erste urkundliche Erwähnung fand Schönbrunn im Jahre 1412 unter dem Namen Schönborn.Oberlausitz
Seit 1241 bestand die Grenze zwischen dem Markgraftum Oberlausitz und dem Hochstift Meißen, die das Dorf Schönbrunn teilte. Der Silberbach ab Neu-Schönbrunn über Wölkau bis Cannewitz war der Verlauf der Landesgrenze. Seit 1559 wurde sie zur Grenze zwischen dem Markgraftum Oberlausitz und dem Kurfürstentum Sachsen. 1635, als die Oberlausitz zu Sachsen kam, blieb die Grenze bestehen.Meissen Davon zeugen die vor einigen Jahren wieder neu aufgestellten Säulen mit den Wappen der Oberlausitz und dem Hochstift Meißen an der ehemaligen Grenze.
Durch wechselvolle Geschichte kam es 1935 zur Vereinigung der beiden Ortsteile von Schönbrunn und Kynitzsch. Danach blieb der Ort bis 1994 eingenständig und wurde durch die Gemeindegebietsreform mit allen Ortsteilen in die Stadt Bischofswerda eingemeindet. Seither ist Schönbrunn ein Ortsteil von Bischofswerda und wird durch einen Ortschaftsrat im Stadtparlament vertreten.